Üç Şerefeli’nin kuzeyinde ve bitişiğinde iki ünlü tarihi medrese bulunmaktadır.
Bunlardan Peykler Medresesini Fatih Sultan Mehmet yaptırmıştır. Peyk; “Padişahın yanında bulunan hürmetli askerler” anlamına gelir.
Türk tarihinde önemli ve saygın bir yeri bulunan İbni Kemal burada öğrenim görmüştür. Eski Medrese Binası onarılmış olup başka hizmetlerde kullanılmaktadır.
Sultan II.Murat’ın yaptırdığı Saatli Medrese ise onarım sürecindedir ve Fatih Sultan Mehmet’in bu Medresede öğrenim gördüğünü belirten kaynaklar bulunmaktadır.