Sultan II. Bayezid’in Cami bölümü dışında şehre ve halka bağışladığı külliye bölümü de bulunmaktadır. Başlangıçta Evliya Çelebi’nin resmi, ünlü eseri Seyahat-namesinde Darüşşifa ile ilgili yazdıkları ve külliyenin vakfiyesi ile birlikte, külliye birimleri ile Darüşşifa’ya ait tablolar yer almaktadır.
15. yüzyılda yaşamış ünlü Osmanlı cerrahlarından olan Amasyalı hekim Sabuncuoğlu Şerafeddin’in hayatı, “Cerrahiyet-ül Haniye” adlı eserinden alınan tablolarla o dönem Osmanlı cerrahisi anlatılmaktadır. Külliye içerisinde Anadolu Selçukluları ve Osmanlılar döneminde Anadolu’da kurulan darüşşifalar da tanıtılmakta ve bunlar hakkında bilgi verilmektedir.
Birinci avluda sol bölümde görülen mutfak bölümünde, Edirne Kız Teknik Anadolu Meslek Lisesi Müdürü Gülten Mayadağ’ın hediye ettiği tepsi, bakır mutfak eşyaları ile Kerim Ünver’in armağanından oluşan eşyalar sergilenmektedir.
Eczacılık tarihi bölümünde eczacılığın gelişimi ile birlikte Dioscorides’in “Meteria Medica” adlı kitabından eserler sunulmaktadır. Ayrıca kavanozlar içerisinde halk arasında ilaç olarak kullanılan bitkilerden örnekler verilmektedir.
Birinci avlunun hemen girişinde yer alan odaların yanında sonradan ek olarak yapılmış olduğu düşünülen sergi odasında ise kartpostallar sergilenmektedir.
Bulaşıcı hastalıklar bölümünde ise tarih boyunca insanlık için büyük tehlike oluşturmuş hastalıklarla birlikte bulaşıcı hastalıklarla uğraşarak bu konuda önemli buluşlar yapmış bilim adamları tanıtılmaktadır. İlk çağlardan günümüze kadar, hekimliğin tarihi seyir içindeki gelişimi de külliye içerisinde anlatılmaktadır.
Salonda vitrinler içerisinde yer alan tıbbi aletler, Edirne’de hekim olarak çalışan kişilere ait olup, onlar tarafından müzeye bağışlandığı gibi bugün hayatta olmayan kişilere ait tıbbi aletler ise onların yakınları tarafından müzeye armağan edilmiştir. Darüşşifanın hizmet verdiği dönemde ikinci avluda yer alan ilaç deposu, “eczahane” olarak kullanılmış olan odada, Profesör Doktor Sühely Ünver, çeşitli yönleriyle tanıtılmakta ve Edirne ili ile ilgili yapmış olduğu sulu boya resimler, yazdığı kitaplar, kendi kalemi ile çizmiş olduğu Edirne Tıp Fakültesi simgesini taşıyan çelenk ve Tıp Fakültesi kuruluşu sırasında göstermiş olduğu çabaları canlandıran fotoğraflar yer almaktadır.
Birinci avlu, düzenlemeler yapılarak çiçeklendirilmiştir. Emekli Öğretmen Mübeccel Korkmaz, evin bahçesinde bulunan balıklı havuz ile girişte hemen birinci odaya tuvaletler arasında yer alan çeşme taşını müzeye armağan etmiştir.
Eski Edirne’nin kendine özgü bir kültürü bulunmakta ve havuzlar, eski Edirne evlerinde önemli bir yer tutmaktadır. Mübeccel Korkmaz’ın müzeye armağan etmiş olduğu bu havuz, eski Edirne evlerinden geriye kalan son örneklerdendir. Yine birinci avluda bulunan revaklı sahanlık bölümünde, Sultan II. Bayezid Darüşşifası ile ilgili kitap, kartpostal ve broşürlerin satışı yapıldığı gibi; Edirne kültürünü tanıtan, badem ezmesi, deva-i misk, mis sabunu satışları da yapılmaktadır.
Müze ilk hizmete açıldığı zaman Profesör Doktor Süheyl Ünver Odası’nın karşısında Doktor Rıfat Osman Bey odası bulunuyordu. Bu odada ilk radyologlarımızdan ve Edirne sevdası ile bilinen Dr. Rıfat Osman Bey çeşitli yönleriyle anlatılmaktaydı.
Bunların dışında yine ikinci avluda, Müdür odası ile birlikte Doktor Rakıp Kazancıgil’in odası bulunmaktadır. 2003 yılında yapılan değişiklikle Müdür Odası, videonun başında gördüğünüz ilk avluya taşınmıştır.
2000 yılına gelinceye kadar olduğu gibi ziyarete açılan yataklı hastane bölümü, zaman zaman burada bulunan Musiki Sahnesi’nde Trakya Üniversitesi Devlet Konservatuarı tarafından konserler düzenlenmiş, müzeler haftasında sergiler açılmıştır. 2000 yılına gelindiğinde buranın dönemine de uygun olarak canlandırılması söz konusu olmuş ve bu bölüm Türkiye’de ilk olan Psikiyatri Tarih Bölümü Ruh Hastalarını Readaptasyon Derneği tarafından kurularak tekrar ziyarete açılmıştır.